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col1	col2	col3	col4
1001	2323	500	0
456	1001	0	200
1111	1001	0	300

こんな感じにデータが入ってて、

col1-2	sum(col3)	sum(col4)
1001	500	500

な感じにcol1かcol2が1001になってるやつのcol3とcol4を集計したい場合*1、

SELECT
    CASE col3 WHEN 0 THEN col2 ELSE col1 END AS 'col1-2'
  , sum(col3)
  , sum(col4)
FROM
  SomeTable
WHERE
  1001 IN (col1, col2)
GROUP BY
  CASE col3 WHEN 0 THEN col2 ELSE col1 END;

とすればOK.

*1:col3とcol4は借方・貸方みたいなイメージ。テーブル設計は無視する方向で